醫院感染中常見的病原體通常可分為細菌、病毒、真菌、肺孢子蟲、弓形蟲、衣原體和瘧原蟲等，其中以各種細菌最為常見，占95％以上。所以，有人常把病原微生物籠統地稱為病原菌或致病菌。

　　1.大部分為人體正常菌群的轉移菌或條件致病茵  對某些環境有特殊的適應性。例如表皮葡萄球菌和不動桿菌，可黏附于塑料表面，一旦靜脈或動脈插入塑料管被它們污染，就很容易引起敗血癥；大腸桿菌能黏附在泌尿道的上皮細胞上，從而成為泌尿道感染的主要病原菌。

　　2.常為多重耐藥菌株  對抗生素有較強和較廣的耐藥性。實驗報告一再證明，同一種細菌，在醫院外和醫院內分離出的菌株，具有不同的耐藥性，即后者的耐藥性比前者更強、更廣。

　　3.常侵犯免疫功能低下的宿主  因此判斷病原菌的種類往往比較困難。醫院感染主要受害者是病人，而工作人員卻很少受害。這里主要有兩個原因：首先，病人通常抵抗力弱，對細菌較敏感；其次，病人往往接受過某些侵入性診斷或治療，而這類操作常給細菌造成入侵之機，極易導致發生醫院感染。