陰莖癌常起始于陰莖頭，包皮內板，由于在包皮內生長，早期不易發現。病變呈乳頭狀或扁平突起，潰瘍周邊隆起，分泌惡臭液體，并可穿破包皮露出癌腫。陰莖癌很少在陰莖體或尿道口發生，可能因與包皮垢接觸較少有關，常見于冠狀溝附近，可見該處包皮垢刺激最多。陰莖癌極少侵犯尿道海綿體和膀胱。一般腫瘤若大于15cm，則常有轉移。扁平的腫瘤比乳頭狀的更易發生淋巴結轉移。腫瘤穿破白膜即可侵入海綿體，但不常見，多數在淋巴結轉移以后發生。陰莖癌90%以上為鱗癌。大多數腫瘤為低級，生存率與細胞級關系不大。但未分化癌預后不良。

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