腸結核的治療目的是消除癥狀、改善全身情況、促使病灶愈合及防治并發癥。因為腸結核早期病變是可逆的，故強調早期治療。

　　1.休息與營養

　　休息與營養可以加強患者的抵抗力，是治療的基礎。

　　2.抗結核化學藥物治療

　　是本病治療的關鍵。

　　3.對癥治療

　　腹痛可用抗膽堿能藥物。對不完全性腸梗阻患者，需進行胃腸減壓。攝入不足或腹瀉嚴重者應注意糾正水、電解質與酸堿平衡紊亂。

　　4.手術治療

　　適應證包括：①急性腸穿孔，或慢性腸穿孔瘺管形成經內科治療而未能閉合者；②完全性腸梗阻；③腸道大量出血經積極搶救不能有效止血者；④診斷困難需剖腹探查者。