1.顯微鏡檢查：革蘭氏染色后的顯微鏡檢出是腦脊液微生物學檢查中的第一步，這在化膿性腦膜炎時其陽性率約為60-90%.如果腦脊液中細菌數(shù)量小于1000個/μl時可出現(xiàn)假陰性，但可以通離心沉淀涂片來提高陽性率。有人提出用吖啶橙熒光染料染色代替革蘭氏染色，可提高細菌出率。結(jié)核桿菌用ZiehlNeeison染色陽性率僅40左右，可羅丹明B熒光染色來提高檢出率。新型隱球菌檢查一般用印度墨汁染色Berned認為有假陽性，推薦用苯胺黑代替印度墨汁。

　　2.細胞培養(yǎng)：主要適用于腦膜炎奈瑟菌、鏈球菌、葡萄球菌、大腸埃希菌、流感嗜血桿菌等和分離培養(yǎng)。血平板和巧克力平板是分離用的最基本培養(yǎng)基。巧克力平板需放入二氧化碳環(huán)境中，有利于檢出腦膜炎奈瑟菌、肺炎鏈球菌及流感嗜血桿菌等。為了分離鑒別革蘭氏陰性桿菌還應(yīng)增種中國藍平板。如果培養(yǎng)及時一般需氧培養(yǎng)的陽性率約為80%左右。若培養(yǎng)之前使用過抗生素，則病菌較難分離出來。在腦脊液培養(yǎng)中還應(yīng)注意防止污染。結(jié)核菌培養(yǎng)第一次敏感性約為50%，連續(xù)多次培養(yǎng)才能提高其陽性率。在重視真菌和厭氧菌的培養(yǎng)。

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