CE是一項迅速發展的分離技術，主要用于生物大分子的分離，如DNA和被十二烷基磺酸鈉 (SDS)飽和的蛋白質，是在一根內徑25～100μm毛細管內進行的，毛細管中充入交聯聚合物，聚合物起到了分子篩的作用，使質量電荷比相同的物質能夠按照分子由小到大的順序流出，從而實現了分離。分辨率高于高效液相色譜，進樣量只需 1～50nl，在毛細管上開一檢測窗口，直接進行柱上檢測，靈敏度較高，而且樣品前處理非常簡便，適用于大量臨床樣品的分析。CE有多種分離模式，其中毛細管凝膠電泳已越來越廣泛地用于基因診斷、基因治療等臨床分子生物學領域。

　　毛細管凝膠電泳與傳統的板式或管式凝膠電泳相比，具有以下特點：(1 )分辨率高，因為毛細管電泳可以施加比板式電泳高 10～100倍的場強，毛細管本身已經具有抗對流作用，不必再使用具有抗對流性的凝膠：(2 )分析速度快；(3 )定量更加準確，避免了電泳染色時因時間、溫度、染色劑濃度和放置時間不同而產生的誤差；(4)靈敏度更高，毛細管電泳為柱上檢測，如使用激光誘導熒光檢測器，檢測限可以提高到10-18到10 –21mol/L；(5)實現自動化操作。能夠進行制備性分離是板式凝膠電泳的優點，醫學教|育網|收集整理目前毛細管電泳使用大孔徑毛細管和低場強，只可以進行少量制備，這項技術更適合于臨床實驗室高靈敏度快速分析的要求。

　　應用CE對PCR產物進行分析可以克服常規瓊脂糖電泳或聚丙烯酰胺凝膠電泳等方法分析速度慢、操作繁瑣、定量結果誤差大、自動化程度低的缺點，現已廣泛應用于病原體、腫瘤和遺傳病的基因診斷，如病原體特異基因檢測、基因突變檢測、DNA序列分析等。