神經和自主神經節常有異常改變，可出現巨結腸和巨食管。不同株的克魯斯錐蟲引起本病的病理表現存在地域差異，如巨食管和巨結腸在巴西很常見，但在委內瑞拉卻很少見。

　　慢性Chagas病患者多存在心臟副交感神經的去神經支配。心臟病理檢查可見全心擴大和心肌肥厚，半數以上有左心室（偶爾為右心室）心尖部變薄并膨出，狀如室壁瘤，此為Chagas病心臟的特征性改變。心腔內可有血栓形成，常見血栓填滿心尖部，右房內也常有血栓。