多糖的分解：我們在這里說的糖，并不只是平常所說的有甜味的糖，主要指的是淀粉、纖維素、半纖維素以及果膠質、幾丁質等，它們是由許多簡單的糖化合物分子聚合在一起形成的。

　　淀粉的分解：是由微生物產生的淀粉酶催化完成的，因為淀粉是由許多葡萄糖分子聚合而成的，所以最終把淀粉分解，產生葡萄糖、麥芽糖等。

　　纖維素的分解：纖維素是地球上最豐富的多糖類化合物，是由許多葡萄糖分子聚合而成的長鏈大分子。許多微生物能夠分泌分解纖維素的酶，土壤微生物產生的纖維素酶分解農作物秸桿，最終產生葡萄糖。

　　半纖維素的分解：半纖維素的結構與組成隨植物的種類或存在部位不同而異，微生物分解半纖維素的酶也多種多樣。半纖維素分解后產生木糖、阿拉伯糖等等。

　　果膠質的分解：果膠質是構成植物細胞間質的主要物質，分解果膠的微生物主要是一些細菌和真菌，分解果膠質后產生一些有機酸和醇類化合物。

　　幾丁質的分解：幾丁質又稱甲殼質，是真菌細胞壁和昆蟲體壁的組成成分，也是甲殼類動物，如蝦、蟹的外殼主要成分。它們是不易被分解的含氮多糖物質，一般生物都不能分解它，只有一些細菌和放線菌能分解和利用它。幾丁質首先被幾丁質酶分解成為甲殼二糖，后者被甲殼二糖酶分解成為N-乙酰氨基葡萄糖。

　　木質素的分解：木質素是植物體內含量僅次于纖維素和半纖維素的一個組分，一般占植物干重的15～20%，在木材中可占30%左右。木質素的化學結構非常復雜，但在自然界中，仍然有一些微生物能夠分解該類物質，其中，以擔子菌的分解能力最強。擔子菌分解木質素時，還常同時分解纖維素、半纖維素等物質。

　　脂肪的分解；微生物對脂肪的分解主要依賴于脂肪酶的作用，產生甘油和脂肪酸。在有氧條件下，脂肪酸可被徹底氧化，并釋放出大量能量。

　　蛋白質的分解；蛋白質是由氨基酸組成的大分子量的化合物，種類繁多。微生物中產生的蛋白酶可將蛋白質分解為片段較小的肽，然后再由肽酶將肽分解成為氨基酸。微生物產生的蛋白酶大多數可以分泌到細胞外面，稱為胞外酶，但肽酶有胞外酶，也有不向外分泌而只存在于細胞內的胞內酶。微生物也能分解組成蛋白質的氨基酸，形成胺類和醇類。