與宿主不是同一種屬的抗原物質稱為異種抗原。通常情況下，異種抗原的免疫原性比較強，容易引起較強的免疫應答。與醫學有關的異種抗原主要有以下幾類：

　　1.病原微生物：如細菌、病毒和其他微生物都是良好的抗原。這些微生物的個體結構雖然簡單，但抗原結構卻很復雜，是多種抗原的復合體。它們在引起宿主感染的同時，也會誘導宿主產生特異性免疫應答和抗感染能力。因此可用免疫學方法對傳染病進行診斷和防治。

　　2.細菌外毒素和類毒素：它們都是很好的抗原，在自然感染和免疫接種后都可產生較強的免疫力。常用于免疫預防的類毒素有白喉類毒素和破傷風類毒素。

　　3.抗毒素：是用類毒素免疫動物（常用馬）制備的免疫血清或精制抗體。抗毒素具有免疫二重性：既可中和相應外毒素、具有防治作用，又可引起變態反應。所以在應用前必須做皮膚過敏試驗。

　　4.異嗜性抗原：有些微生物與人體某些組織有交叉反應性抗原，可引起宿主發生自身免疫性疾病。例如溶血性鏈球菌與腎小球基底膜和心肌組織、大腸桿菌某些O抗原與結腸粘膜等可存在交叉抗原。在臨床上也常借助異嗜性抗原對某些疾病作輔助診斷。例如診斷某些立克次體病的外－斐反應等。