生物堿的分類方法主要有3種，按植物來源、生源途徑和基本母核的結構類型分類。

　　（一）吡啶類生物堿：此類生物堿結構簡單，很多呈液態。代表物有：檳榔堿、檳榔次堿，煙堿等。

　　（二）莨菪烷類生物堿：代表物有：苦參堿等。

　　（三）異喹啉類生物堿：

　　1.簡單異喹啉類

　　2.芐基喹啉類

　　（1）1-芐基異喹啉類：代表物有罌粟堿、厚樸堿等。

　　（2）雙芐基異喹啉類：代表物有漢防已堿等。

　　（3）原小檗堿類：代表物有小檗堿、延胡索乙素等。

　　（4）嗎啡烷類：代表物有嗎啡、可待因等。

　　（四）吲哚類生物堿：代表物有吳茱萸堿、馬錢子堿、士的寧、長春堿、長春新堿、利血平等。

　　（五）有機胺類生物堿：代表物有麻黃堿、秋水仙堿、益母草堿等。