合理采取相應標本，如尿液、膿汁、膽汁、分泌物或血液等，以直接涂片進行初步檢查。分離培養后，挑取可疑菌落，進行涂片、染色、鏡檢、觸酶試驗、膽汁七葉苷試驗和6.5%NaCl耐受試驗，可鑒定到屬。如鑒定到種還需進行必要的生化試驗。對具有臨床意義的腸球菌應進行體外藥敏試驗，一般要測試對β-內酰胺類尤其是青霉素類（如青霉素、氨芐西林）、萬古霉素和氨基糖甙類（如慶大霉素）的敏感性，耐萬古霉素腸球菌（VRE）國外檢出率較國內高。