并非所有陽性培養都是真正的病原菌，原因可能有：① 所報告細菌為污染菌，細菌培養結果的臨床意義大小與所取標本有關，如為關節液、胸腔積液、血液等無菌標本則臨床意義較大，但即使血培養陽性也可能為污染菌，據報道單次血培養凝固酶陰性葡萄球菌、草綠色鏈球菌、腸球菌陽性，污染可能性分別為85 ％、52 ％、22 ％。某些標本易受污染如痰標本易于受咽喉部攜帶菌的污染，尿培養易受下尿道、尿道口寄居菌污染。② 可能為應用抗菌藥后的菌群交替，特別是原為復數菌感染時，針對優勢菌治療一段時間后可能非優勢上升為優勢菌，廣譜抗菌藥治療后可能出現真菌感染，故使用抗菌藥時間較長的感染，療程中需復查細菌培養。此外影響臨床療效的因素很多，據報道藥敏試驗結果與臨床療效的符合率約為70% ，因此細菌培養及藥敏試驗報告只能作為臨床用藥的參考，應根據患者用藥后的治療反應和臨床病情調整用藥。