肺炎衣原體被認為是肺炎、支氣管炎及其它呼吸道感染的常見病因；牛衣原體僅存在于牛和羊；鸚鵡熱衣原體可引起鸚鵡熱，是人類吸入受感染的鳥的排泄物的干燥塵粒而感染，發病時常有高燒、頭痛、肌肉痛、寒戰和上下呼吸道不適，部分患者可并發腦炎、心肌炎、或血栓性靜脈炎。沙眼衣原體除可導致沙眼外，還是公認的性傳播疾病的傳染原之一。在非淋菌性尿道炎中，幾乎一半是由沙眼衣原體傳染造成的。它還可以引起尿道綜合征和性病性淋巴肉芽腫、男性尿道炎、附睪炎、女性不育、子宮頸炎、盆腔炎等。新生兒通過產道感染可引起新生兒眼炎或新生兒肺炎。沙眼衣原體還可引起成人肺炎，對孕婦危害也較大，可造成宮外孕、流產、死胎、絨毛膜羊膜炎、早產等。

　　世界衛生組織在有關報告中指出：沙眼衣原體感染會使病人發炎的機會大大增加，因而也增加了傳染上艾滋病病毒（HIV）的機會。沙眼衣原體會令傷口發炎，病菌從傷口傳播的機會大大提高。故世界衛生組織倡導控制這類疾病從而減少和控制艾滋病的傳播。